当时新疆敌方军队的布局是，沙俄占领伊犁地区，阿古柏直接控制南疆八城和吐鲁番盆地，投靠阿古柏的马人得和白彦虎的军队盘踞在乌鲁木齐、玛纳斯一带。左宗棠收复新疆提出“先北后南”的战略方针，这样做首先可以避实就虚，在突破敌人薄弱环节后再进行决战，可以先声夺人，鼓舞士气。其次，先将阿古柏一部分军队在北路聚而歼之，为挺进南疆创造条件。从而形成从东、北两面夹击南疆之势。这是基于对阿古柏集团的兵力部署、新疆的地里环境以及历史经验的分析、判断所做出的决策。为了利用英、俄矛盾，集中力量消灭阿古柏集团，左宗棠主张暂时不涉及伊犁问题，等先消灭了阿古柏军队，然后消灭俄国的军队，这个战略方针是完全正确的。

    为了收复新疆，清军在西北地区集结了一百四五十营，约六、七万人，先后投入第一线的有八十多营，近四万人。战争从光绪二年（1876）夏季开始，分为三个阶段：         第一阶段为北疆之役，第二阶段为达坂—吐鲁番之役，第三阶段为南疆之役，到光绪三年（1877）底结束，天山南北两路除伊犁地区外，均告收复。清军在战争中往往能以极少的损失取得最大的胜利，缴获了不少的战马、枪炮军械等战利品。左宗棠采取灵活机动的战略战术，有时候不按照清廷不切合实际的军事部署，而是根据前线实际情况调配军队指挥打仗。在战略上左宗棠能够掌握战争的主动权，在战术应用上，左宗棠能够出其不意攻其不备，打的敌人昏头转向，狼狈而逃。在兵员和武器弹药的补充上比较及时，特别是在第二阶段的战役中，是双方的主力决战，给予阿古柏的主力部队以毁灭性的打击，一举打开了通向南疆的大门，消灭敌人两万余人，相当于阿古柏防守这一地区兵力的五分之四，约占阿古柏总兵力的百分之四十，阿古柏死于这场战役中。阿古柏死后，发生内讧，在“树倒猢狲散”的状况下，这些残余部落有的纷纷倒向清军，有的投靠了沙俄，有的逃跑，左宗棠命令部队一路追杀，不给敌人以喘息的机会，彻底打败了阿古柏军队，同时也铲除了英国在新疆的利益。于1878年1月2日，整个新疆除沙俄仍盘踞在伊犁地区而外，已全部收复。

    正当左宗棠一路势如破竹，决计乘胜一举收复伊犁时，沙俄主动与清政府进行谈判，并提出条件，只有允许俄国商人进入中国内地做贸易，赔偿俄国损失费，还要在割让一些土地的前提下，才能交回伊犁。清政府要求俄国派使节与左宗棠直接谈判，却遭到了俄方拒绝。于是清政府派出吏部右侍郎、暑盛京将军崇厚前往俄国交涉收回伊犁，未经清政府同意，竟在克里米亚半岛的里瓦吉亚与俄国签订了《里瓦吉亚条约》，按这个条约规定，俄国虽然交还伊犁九城，却割据了霍尔果斯河以西地区，特克斯河流域以及位置重要的穆素尔山口，从而隔断了伊犁与南疆阿克苏等城的联系。此外，中国还要支付五百万卢布（约合二百八十万两白银）的所谓“代守费”和“俄民损失费”，中国还要准许俄国在嘉峪关、哈密等七处设领事，并给予俄商在新疆、蒙古享有免税贸易的特权等。

    消息传来，举国震惊，朝野一同谴责崇厚的卖国行径，因为这是在两国没有交战的前提下，在中国并未战败的情况下签订的一个丧权辱国的条约，所以激起了举国上下的一致反对和声讨，全国舆论一片哗然，街谈巷议无不以一战为快。左宗棠主张先可以谈判，如果按我们的要求谈判不成则拼力一战，从沙俄手中收复失地。在巨大的爱国御侮浪潮影响下，清廷大多数官员要求改约或攻打，只有极少数人主张妥协，卖国贼李鸿章就是这些少数人中的代表，极力阻止改约，但是，在全国反对浪潮的激荡形势下，清廷不得不放弃李鸿章的建议，将崇厚治罪，改派大理寺少卿、驻英法公使曾纪泽（曾国藩长子）前往俄国谈判，同时，命令左宗棠统筹兵事，作打仗准备。

    俄国为什么不和中国交战，而因为伊犁领土问题首先提出和中国谈判呢？在中国打败阿古柏军队之时，正值俄国刚刚结束了对土耳其的战争，经济已经枯竭，财政赤字严重超高，沙俄政府虽然想以战争手段霸占伊犁，但由于经济衰弱，难以出兵作战。

    曾纪泽与俄国代表进行了半年多的谈判，在这场中俄外交斗争中，充分显示了他的外交才干，当然，左宗棠的积极备战，扬言要将沙俄军队打败，无条件收回伊犁，对曾纪泽同沙俄的谈判起到了后盾作用。

    曾纪泽在力主收回伊犁，废除《崇约》原则的同时，在其它方面也有所让步。这样双方终于在光绪七年正月二十六日（1881年2月24日）签订了中俄《改订条约》（即中俄《伊犁条约》），按新的条约规定，俄国同意交还特克斯河谷地区（约两万多平方公里）和通往南疆的穆扎尔山口，并放弃了俄国货物由嘉峪运进内地的要求，但仍割占了霍尔果斯河以西地区（约一万多平方公里），并把赔款由五百万卢布增加到九百万卢布（约合五百零九万两白银），还保留了《崇约》所规定的商业特权。十分明显，《改订条约》仍然是沙俄强加于中国的不平等条约，不过从中国方面说，这与崇厚签订的条约想比，总算收回了一些权益。后来，有人赞扬曾纪泽的俄国之行是“折冲樽俎，夺肉虎口”，不是没有道理的。《改订条约》签订后，于第二年二月初四日（1882年3月22日），清军带兵进驻了伊犁，从此，伊犁终于从侵略者手中回归到了祖国怀抱。

    收复新疆是极其艰难而又复杂的事情，既要有朝廷的大力支持，又要有民众的拥护，这不是简单的军事行动，作为西征军的最高统帅，要具有战略思维、全局意识、深远的谋略、过人的胆识和非凡的才干。他进入新疆，特别重视处理和调整各民族各阶层之间的关系，认真对待军民关系，为了不扰民，不损害新疆民众的利益，整饬军纪，严格执行，如有触犯者要严惩不贷，杀一儆百，他向部队说明军纪的好坏直接关系到民心的得失和战争的胜负。使军队与百姓能够和谐相处，成为鱼水之情。清军进入新疆也得到了当地民众的不少帮助。

    参加收复新疆战役有来自全国各省区的军队，派系林立，相当复杂，颇难统一指挥部，有个别不听指挥，延误战机。各军的素质、武器配备和战斗力的强弱参差不齐，调配和使用起来比较困难，不能得心应手。左宗棠根据实际情况加以整合，严格训练，统一部署。对于干部的提拔任用，他不拘一格，量才录用。

    收复新疆后，左宗棠大力恢复生产，发展经济，同时加强边防巩固，废除了一些有弊端、不合时宜的制度，进行清丈土地，减免赋税，奖励垦荒，采取官方贷款、民间出力的方式兴修水利、修路铺桥，每收复一地，妥善处理善后事宜，及大地调动民众的生产积极性，也改善了民生。

     左宗棠对中国的最大贡献就是收复新疆，收复新疆是他人生中最光彩夺目的一页。在新疆岌岌可危之际，他以垂暮之年，不畏艰险，承受着巨大的压力，挺身而出，主动承担起收复新疆的重任，这充分表现出他的一片爱国热忱和高尚无私的奉献精神。他一生很清贫，虽然出仕较晚，但他把自己的余生奉献给了国家和人民。今天的现实，让我们更加认识到了左宗棠收复新疆的重要性，他给中国人民做了一件大好事，造福子孙后代。他的丰功伟绩光耀千秋，是值得我们永远缅怀的一位民族英雄。